En 1846, à peu près 300 soldats ont franchi les portes d’Upper Fort Garry, transformant à jamais la vie du fort et de ses habitants. Les troupes, membres du 6e régiment d’infanterie, ainsi qu’un détachement des Royal Engineers et un détachement d’artillerie, se sont emparés d’environ 80 % de la superficie du fort, entraînant des constructions annexes au-delà du mur nord. Du fait de l’arrivée des soldats, l’espace d’entreposage du fort s’est trouvé réduit. Tout d’abord, la Compagnie de la Baie d’Hudson a dû obtenir des sources supplémentaires de nourriture, c’est-à-dire davantage de boisseaux de blé, de sacs de pemmican et de tonnes de glace, ce qui prenait de la place. Ensuite, d’anciens entrepôts ont dû être convertis en casernes (bâtiments et salles dans lesquels mangeaient et dormaient les soldats), et dès lors ne pouvaient plus servir à stocker des marchandises. Par conséquent, un nouveau « magasin à farine » a été construit en 1846, le long du côté est du fort. Cela ne suffisant pas, un second entrepôt a été construit en 1848, baptisé « magasin à pemmican ».Le magasin à pemmican a été construit dans le style de la Rivière-Rouge, en face du magasin à farine et en ligne avec la rangée ouest de bâtiments. Tout comme le magasin à farine, il mesurait environ 30 pieds sur 70 pieds. Le niveau inférieur du bâtiment accueillait les provisions des plaines, comme le pemmican, tandis que les deux étages supérieurs servaient à stocker des sacs de grain. En hiver, le grain était battu au fléau, puis transporté par barge au moulin, exploité par le père de Louis Riel pour être broyé. Quelques années plus tard, le magasin a été modifié de diverses façons. Peu avant 1857, un grand appentis qui doublait presque la taille du magasin a été fixé à son mur ouest. Puis, au cours des années 1870, un second appentis de deux étages et recouvert de parements horizontaux a été ajouté au mur nord de l’entrepôt.
